故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
第一玩家张分，刚单杀新 BOSS 恒冥，就被女友杨玲、好友谢乃谋害——只因二人觊觎他的“世界最值钱账号”。再次睁眼，他竟穿越成自己刚斩落的BOSS恒冥！一边是魔族内乱待平、忠诚助理安婕相护，一边是杨谢谎称他“意外身亡”、操控他原账号追杀魔族。系统更新后“死亡即永久消失”，张分设下“回现实复仇”主线，寻纪元碎片途中，收反差萌教主、侠义侠客入队，昔日玩家 TOP1，如今要以BOSS之身，掀翻整个游戏世界！
